Krypta książęca. Znajduje się pod prezbiterium i do 1939 roku uważana była za miejsce pochówku ostatnich książąt mazowieckich. Spoczywają tu Janusz I Starszy, fundator świątyni i jego wnuk Bolesław III. Tu także znajduje się srebrna dziecięca trumna z brązowymi okuciami kryjąca szczątki przedwcześnie zmarłej córki Władysława IV, Izabelli. W północnej ścianie krypty znajduje się okratowany otwór z widokiem na odkrytą w 1953 roku kryptę ze zwłokami ostatnich książąt mazowieckich - Stanisława i Janusza. Odkrycia dokonano w trakcie prac budowlanych przy wznoszeniu nowych murów katedry. Powyżej tego miejsca, w prezbiterium, do 1944 roku stał nagrobek książąt będący dziełem Bernardino Zanobiego de Gianotisa (renesansowa płyta z czerwonego marmuru węgierskiego) i Kacpra Bażanki (późnobarokowa obudowa z czarnego marmuru). W krypcie głównej znajduje się także odkryta po wojnie oryginalna gotycka mensa ołtarzowa pamiętająca czasy księcia Janusza I Starszego i rozbudowy świątyni w końcu XIV wieku.
Krypta gotycka XIV w. Przylega od południa do krypty Parżniewskiego. Wąskie pomieszczenie kryje trumnę ze zwłokami nieznanej osoby.
Krypta XVII w. Krypta rodziny Gianottich z dwiema symetrycznymi katakumbami (pod sklepieniem po prawej stronie). Żarówki - warsztat lokalny (koniec XX wieku).
Krypta Parżniewskiego. Jest to odkryta w latach pięćdziesiątych XX wieku krypta Adama Parżniewskiego (zm. 1604), sekretarza królewny Anny Wazówny. W modrzewiowej trumnie zachowały się zwłoki w stroju z końca XVI wieku. Pod kryptą Parżniewskiego znajduje się nisza grobowa kryjąca trumnę ze zwłokami nieznanego dostojnika kościelnego z XVIII wieku. Obok znajduje się tumba z trumienką dziecka pochowanego tu w XVIII wieku.
Krypta arcybiskupów. Jedna z czterech znanych przed 1939 rokiem krypt katedralnych. Jest miejscem pochówku XIX wiecznych metropolitów warszawskich - Zygmunta Szczęsnego Felińskiego, Wincentego Teofila Chościak Popiela i Antoniego Melchiora Fijałkowskiego.
Krypta Henryka Sienkiewicza. W okresie międzywojennym urządzono w podziemiach katedry dwie nowe krypty. Jedną z nich jest zaprojektowana i wykonana w 1924 roku przez Konstantego Jakimowicza krypta Henryka Sienkiewicza (zm. 1916).
Krypta Gabriela Narutowicza. Drugą z urządzonych w okresie międzywojennym krypt jest zaprojektowana i wykonana w 1928 roku przez Mariana Lalewicza krypta Gabriela Narutowicza (zm. 1922), pierwszego prezydenta II Rzeczypospolitej, zastrzelonego 16 grudnia 1922 roku w warszawskiej Zachęcie przez prawicowego fanatyka Eligiusza Niewiadomskiego.
Krypta Ignacego Jana Paderewskiego. Światowej sławy pianista. Legendarna już kariera muzyczna tego wielkiego Polaka rozpoczęła się od trasy koncertowej po Europie i Stanach Zjednoczonych. Zapełniał wszystkie najsłynniejsze sale koncertowe świata. Był autentycznym idolem swoich czasów. Był doktorem honoris causa dziesięciu europejskich i amerykańskich uniwersytetów. Pochowany w 1941 roku w Arlington pod Waszyngtonem - miejscu dla Amerykanów świętym. W 1992 roku jego prochy sprowadzono do kraju i pochowano w podziemiach katedry.