Urodził się w Starosielcach w 1890 roku. Malarz, rzeźbiarz, pedagog, urbanista. Członek Cechu Artystów Plastyków "Jednoróg", grup "Rytm" i "Pryzmat". W latach 1902-08 uczył się w szkole artystycznej Odeskiego Towarzystwa Sztuk Pięknych. Studia artystyczne odbywał w latach 1908-10 w Szkole Sztuk Plastycznych w Odessie, a następnie w latach 1911-18 w cesarskiej Akademii Sztuk Pięknych w Petersburgu, gdzie uzyskał dyplom w pracowni Dymitra Kardowskiego. Edukację artystyczną kontynuował w Monachium. Do Polski przyjechał w 1920 roku i osiadł w Toruniu, gdzie wraz z Leonem Pękalskim otworzył Zakład Graficzny "Sztuka". W roku 1923 objął katedrę malarstwa dekoracyjnego i monumentalnego w krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych. W 1928 został członkiem praskiego ugrupowania artystycznego Manes. W 1929 zaproponowano mu katedrę malarstwa sztalugowego w warszawskiej Szkole Sztuk Plastycznych, którą przyjął przenosząc się na stałe do Warszawy. Warto odnotować, że podążyło za nim wielu uczniów. Zasiadał w Radzie Instytutu Propagandy Sztuki oraz w Sekcji Plastyków Towarzystwa Szerzenia Sztuki Polskiej wśród Obcych.

W latach 1923 i 1924 odbył podróże do Paryża i do Włoch. W pierwszym okresie twórczości malował m.in. krajobrazy zawierające sporo cech typowych dla pejzażystów rosyjskich z przełomu stuleci XIX i XX. Prace wystawione po powrocie do kraju odznaczały się także dekoracyjnością i fantastyką typową dla stylistyki przedstawicieli "Mira Iskusstwa". W latach następnych powstały krajobrazy syntetyczne i monumentalne, nawiązujące do jurajskich pejzaży Courbeta. Wykonywane były one głównie szpachlą, utrzymane w ciemnym kolorycie. Malował też Kowarski portrety, również zbiorowe, o zmonumentalizowanej i uogólnionej, uproszczonej formie, nadając im piętno pomnikowej trwałości. Jakkolwiek nawiązywał w swej twórczości do malarstwa epok historycznych, prace jego odznaczają się indywidualnym stylem określanym niejednokrotnie jako monumentalny klasycyzm Kowarskiego. Był to styl przepojony humanizmem i swego rodzaju antyestetyzmem. Przez oszczędność treści i formy, powściągliwą gamę barwną i zróżnicowane działanie fakturą wydobywał artysta zasadnicze motywy, uwydatniał momenty w kompozycji najistotniejsze. Poza malarstwem sztalugowym tworzył również kompozycje ścienne - mozaiki i freski. Jego dziełem jest m.in. zespól plafonów wawelskich. Indywidualne wystawy artysty odbyły się w 1923 r. w krakowskim Towarzystwie Przyjaciół Sztuk Pięknych i w 1938 r. w warszawskiej kawiarni "Zodiak". Swe prace eksponował też za granicą, m.in. w Wiedniu (1928), Wenecji (XVIII Biennale, 1932), Edynburgu (1932), Pittsburgu (1935), Berlinie (1935, 1936) i Paryżu (1926). Na Wystawie Światowej w Paryżu w 1937 otrzymał złoty medal.

Ok. 1925 roku, wraz ze swymi uczniami z krakowskiej ASP i z inicjatywy Adolfa Szyszko-Bohusza podjął prace restauratorskie na Wawelu. Wykonał wówczas m.in. dekorację stropu w Sali Pod Ptakami, za którą otrzymał Medal Dziesięciolecia Odzyskania Niepodległości. Prócz prac dekoratorskich w klasztorze OO. Paulinów na Jasnej Górze w Częstochowie, uczestniczył w 1928 w wykonywaniu polichromii Rynku Starego Miasta w Warszawie (kamienice Gizów i Dzianotów). W 1936 wraz z Janem Sokołowskim zdobił plafony w pałacu Bruehla mieszczącego siedzibę Ministerstwa Spraw Zagranicznych. W 1935 uzyskał wraz z Sokołowskim I nagrodę w konkursie na nie zrealizowany projekt polichromii kościoła Narodzenia Marii Panny w Chełmie. W 1939 r. zdobył wraz z Sokołowskim i Józefem Klukowskim I nagrodę za projekt mozaikowej dekoracji hali odjazdowej Dworca Głównego w Warszawie (część zrealizowana spłonęła w pożarze w roku 1939). W 1931 roku jego obraz "Wioślarze" został uhonorowany nagrodą Prezesa Rady Ministrów.

Okres okupacji spędził w Skierniewicach, gdzie prowadził kursy tajnego nauczania, uprawiał rzeźbę, wykonywał projekty architektoniczne. Po zakończeniu wojny podjął na nowo pracę pedagogiczną w warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych. W latach 1946-48 artysta namalował cykl obrazów zatytułowanych "Ghetto" (m.in. Głowa Żydówki, 1946 i Na Progu Domu, 1948). Kolejnym cyklem był "Człowiek" (m.in. Efeb, 1947 i Elektra, 1947). Przed śmiercią artysty powstał jeszcze trzeci cykl, odpowiadający tematycznie założeniom późniejszej doktryny socrealistycznej - "Dzieje myśli narodowej" - zrealizowany częściowo (m.in. Proletariatczycy, 1948).

Felicjan Szczęsny Kowarski zmarł w Warszawie w 1948 roku.